La Secretaría General de la Universidad Católica de Pereira, fue creada en 2010 mediante acuerdo número 07 expedido por el Consejo Superior "Por el cual se aprueba una reforma a los estatutos". Es un órgano de gobierno y de gestión adscrito a la Rectoría encargado, entre otras funciones, de prestar asesoría a la Rectoría, Consejo Académico y Consejo Superior en asuntos académicos y administrativos.

Entre otras funciones, los estatutos le atribuyen a la Secretaría General:

• Actuar como Secretario del Consejo Académico.
• Refrendar con su firma los actos emanados de ellos y los diplomas, títulos y grados que otorgue la Universidad.
• Llevar y custodiar los libros de actas y decisiones del Consejo Superior y Académico.
• Conservar los actos y documentos de la Rectoría.
• Vigilar y dirigir el archivo de la Institución.
• Comunicar a los interesados los actos que produjere la Universidad y que deban ser comunicados.
• Representar al Rector en los casos en que éste se lo solicite.
• Las demás que le fueren asignadas por el Consejo Superior, el Consejo Académico o la Rectoría.